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新しい米国/日本の亜種を見る

ケンタッキー州のナーシングホームで新しい亜種が発見され、45人の居住者と医療従事者が影響を受けています。 これらの感染症の多くは、完全にワクチン接種された個人で発生しました。 この亜種は日本で生まれ、GISAIDSARS-CoV-2データベースに10,000を超えるエントリがあります。 バリエーションは、不安や好奇心のバリエーションで前述した5つの変異で構成され、そのうち2つはスパイクタンパク質に存在します(図1)。 また、多くのユニークな突然変異があります。 ここでは、反射、免疫回避、および病原体形成に対する各突然変異の考えられる影響について説明します。

三角形

R.1バリアントは、すべてのタイプの関心または懸念と共通の外観を共有します。 それらは、I trite、3つの変異、1つの5 ‘非翻訳領域:C241U、2番目はウイルスポリメラーゼNSP12:P323L、3番目はスパイクタンパク質の外側S1ドメインのD614Gで表されます。 D614G変異は感染を増加させます。 トリオの他の2人のメンバーの役割は謎のままです。 これらの3つの突然変異は、2020年初頭に見られた最初の主要な変異を一緒に特徴づけます。 そのウイルスはすぐにすべての武漢の分離を置き換えました。 トライアドウイルスの現在流通している亜種は、アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、ランプタ、東アフリカ系のA.30とA.23.1の2つだけであり、多くの場合、元の武漢ウイルスの独立した子孫です。

スパイクタンパク質(S)

SARS-CoV-2のスパイクタンパク質は、宿主のACE2受容体に結合し、感染を開始します。 R.1バリアントには3つのスパイク変異があり、そのうちの2つは他のバリアントで以前に言及されており、もう1つは固有のものです(図2)。

スパイクタンパク質の最も頻繁に修飾されるドメインの1つは、受容体結合ドメインです。 R.1バリアントには、このドメインにE484Kと呼ばれる変異があります。 484変異は、治癒血清中の抗体およびモノクローナル抗体の中和に対して高い耐性を示します。 E484Kは、負に帯電したグルタミン酸を正に帯電したリジンに変換します。 E484Kは、ベータ、ガンマ、イータ、イオタ、ムーのバリアントで利用できます。

R.1のN末端ドメインにはW152L変異があります。 スパイクタンパク質のこの部分は、治癒血清中の抗体を中和し、多くの中和モノクローナル抗体を標的にすることを目的としています。 152番目の同種変異は、インドで見つかったデルタ株の最小の変異体の1つです。 同じアミノ酸が、カリフォルニアで最初に発見された多くの品種で変異しています、p.1427 / 429。 152トリプトファンは代替品です カリフォルニア品種のロイシン。 単一のアミノ酸の複数の独立した突然変異は、機能的な利点を表しています。

変異G769Vは、レベル732と780の間の中間領域に分類されます。 これはR.1バリアントに固有のものです。

非構造タンパク質

非構造タンパク質13(NSP13)

NSP13タンパク質は、ヘリカルおよび複製転写複合体の一部です。 R1のG439R変異は、このバリアントに固有のものです。 439残基がアクティブなATP結合部位の近くにあります(図5および6)。 グリシンアルギニン変異は、正電荷を持つ中性アミノ酸からの変化です。 反射およびらせん活動に対するこの突然変異の影響はさらに探索的です。

非構造タンパク質14(NSP14)

NSP14は、NSP13ヘリカーゼと同様に、複製転写複合体の一部であるエキソリボヌクレアーゼです。 エキソリフォヌクレアーゼはバグ修正機能を持ち、鎖末端ヌクレオチドに対する耐性も提供します。 R.1のNSP14タンパク質には独特のP412H変異があります。 NSP14は、閉じたウイルスメッセンジャーRNAの形成に関与するメチルトランスフェラーゼです。 内因性免疫応答の誘発を回避するには、ウイルスメッセンジャーRNAのキャップが必要です。 アミノ酸をプロリンからヒスチジンに変換すると、中性アミノ酸が正電荷に置き換わります。これもまた、大きな電荷変化を意味し、タンパク質の特性を向上させることができます。 変異部位は、隣接するタンパク質のN7メチルトランスフェラーゼキャッピングドメイン内にあります SAHとGpppAの結合(図7)。

また、RNAの複製と転写のプロセスに影響を与える多くの同様のヌクレオチドの変化を観察します。 非構造タンパク質の中で、C3037U、C14340U、C18877U、A19167G、およびT19839Cが観察されます。 これらはアミノ酸に置き換わるものではありませんが、RNAの二次構造を変化させる可能性があり、機能的な影響を与える可能性があります。

構造タンパク質

膜タンパク質(M)

膜タンパク質はウイルス粒子の形成に重要です。 ウイルスを取り巻く膜に埋め込まれています。 Mは、成熟したウイルスにウイルスを詰め込むのに役立つと報告されています。 Mは自然免疫の抑制に積極的です。 F28LR.1に固有。 アミノ酸修飾は、3つの膜貫通領域ドメインの中で最初にランク付けされています。 フェニルアラニンとロイシンはどちらも極性アミノ酸であり、非荷電アミノ酸です。 それにもかかわらず、変動は、ウイルス粒子の安定性を含む、Mの多くの機能に影響を与える可能性があります。

ヌクレオカプシドタンパク質(N)

Nはウイルス構造タンパク質で非常に活性があります。 Nウイルスは遺伝子をらせん構造にカプセル化し、複製と転写に必要です。 初期の感染の間、Nは内因性免疫を抑制するのに重要な役割を果たします。 Nは非常に抗原性が高く、ほとんどの人は影響を受けた集団に対してかなりの力価の抗体を持っています。

R.1は、NR1、R203K、G204Rの4つの段階の変異であり、アルファ、ガンマ、ラムダの3つのタイプの変異を共有しています。 アミノ酸隣接するアミノ酸のレベル203と204の変化は、常にペアとして見られます。 両方の変異は、リンカードメインの中心に近く、リンカードメインはNのRNA結合ドメインをタイマードメインに接続します。 204番目にグリシンからアルギニンに切り替えると、中和された領域に2番目の正電荷が導入されます。

N個の変異の1つは、S187Lリンカードメインにあります。 Q418HNの極端なカルボキシ末端に正電荷を追加します。

R.1バリアントを参照してください。 日本とアメリカの両方に拠点を置いています。 不安の変異体に共通するスパイクおよびヌクレオカプシドタンパク質の多くの変異に加えて、R.1には、代謝、複製、および免疫抑制に追加の利点を提供する一連の固有の変異があります。

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